Ursprünglich besaß die Fuggerei kein eigenes Gotteshaus. Die Bewohner besuchten die nahe gelegene St. Jakob-Kirche. Während der Reformation wurde diese Kirche jedoch evangelisch. Die katholischen Fugger handelten und ließen auf dem Fuggereigelände eine neue Kirche errichten: Im Auftrag der Administratoren Markus und Philipp Eduard Fugger baute ab 1580 wohl der Baumeister Hans Holl eine schlichte Kirche, die 1582 dem Evangelisten Markus geweiht wurde. Architektonische Besonderheit: Anders als die meisten katholischen Kirchen wurde St. Markus nicht nach Osten ausgerichtet sondern dem Straßenverlauf angepasst.
Bis zum Bau der Heilig-Grab-Kapelle im Jahr 1613 (heute St. Maximilian) blieb St. Markus die einzige katholische Kirche in der Jakobervorstadt. Hier können die katholischen Fuggereibewohner die Heilige Messe feiern. Die Kirche bietet Raum für etwa 200 Besucher.
St. Markus wurde während des Barocks umgebaut und neu ausgestattet. Bei dem Bombenangriff vom Februar 1944 brannte die Kirche komplett aus. 1950 wurde sie wiederaufgebaut und mit geretteten oder neu hinzugefügten Elementen ausgestattet. So bewahrt St. Markus auch heute einige sehenswerte Kunstwerke, wie zum Beispiel das Altarblatt mit einer Kreuzigung von Jacopo Palma il Giovane (um 1595) oder das Originalepitaph für Ulrich Fugger aus St.Anna, das Adolf Daucher vermutlich nach Entwürfen von Dürer geschaffen hat. Die 1550-1560 entstandene Kassettendecke mit ihren bemerkenswerten Einlegearbeiten stammt wahrscheinlich aus dem Fuggerschen Stiftungshaus bei St. Anna.
