Die Anfänge des Fuggerarchivs lassen sich bis ins 16. Jahrhundert zurückverfolgen. Bereits im Stiftungsbrief von 1521 macht Jakob Fugger dazu Bestimmungen, wonach alle Rechtsdokumente „in ewig Zeit“ verwahrt werden sollten. Jakobs Neffe und Nachfolger Anton Fugger traf 1560 umfangreiche Regelungen, wie die Dokumente des Handels dauerhaft aufbewahrt werden sollten und schuf damit die Grundlage des Fuggerarchivs. Viele seiner Bestimmungen entsprachen dabei bereits Grundsätzen, die man in ganz ähnlicher Form auch in modernen Archiven wiederfinden kann.
Ein gemeinsames Familien- und Stiftungsarchiv
Neben dem Augsburger Archiv entstanden bis zum Beginn des 19. Jahrhundert noch vier Einzelarchive der verschiedenen Linien der Familie Fugger. Diese Archive befanden sich in Babenhausen, in Kirchheim, in Kirchberg und in Dillingen. Mit einem Beschluss der Senioratskonferenz vom 28. März 1877 wurde der bisherige evangelische Pfarrer von Buxach und Stadtbibliothekar von Memmingen, Friedrich Dobel, damit betraut, aus dem bestehenden Familien- und Stiftungssarchiv und den Einzelarchiven der jeweiligen Linien „ein die Dokumente des Gesamthauses Fugger umfassendes Familien- und Stiftungsarchiv“ herzustellen. Damit entstand das Fuggerarchiv in seiner heutigen Form. Untergebracht wurde das neue Archiv zunächst in den Augsburger Fuggerhäusern in der Maximilianstraße.
Beginn der Fugger-Forschung im 20. Jahrhundert
Das Archiv wurden zwischenzeitlich in das Administrationsgebäude der Fuggerei verlegt, und Götz Freiherr von Pölnitz übernahm 1935 die Leitung des Fuggerarchivs. Der Zweite Weltkrieg stellte auch für das Fuggerarchiv eine große Zäsur dar. Die Archivalien konnten noch rechtzeitig vor den Angriffen auf Augsburg 1944 ausgelagert worden. Nach dem Krieg begann die Wiederherstellung und Neuverzeichnung des Archivs in Räumlichkeiten von Schloss Kirchheim. Maria Gräfin Preysing übernahm diese Aufgabe als Archivarin. 1956 schließlich konnte das Archiv in einen Neubau in Dillingen a. d. Donau verlegt werden. Auf Gräfin Preysing folgte 1983 Franz Karg als Archivar, der diese Tätigkeit bis Ende 2021 ausübte. Als Archivdirektor bzw. wissenschaftlicher Leiter des Fuggerarchivs folgten auf von Pölnitz († 1967), die Professoren Hermann Kellenbenz, (1970-1990), Johannes Burkhardt (1992-2014) und Dietmar Schiersner (seit 2014).