Jakob Fugger der Reiche und seine Frau Sibylle Artzt waren kinderlos geblieben. In seinem Testament bestimmte Jakob seinen Neffen Anton Fugger zum alleinigen Nachfolger. Im Jahr 1525 übernahm dieser mit 32 Jahren die Leitung der Firma und führte sie überaus erfolgreich bis zu seinem Tod 1560. Anton Fugger richtete die Firma wie die Stiftungen neu aus.
Ausbau der Stiftungen unter Anton Fugger
Unter Anton Fugger wurden weiterhin Überschüsse aus dem Handel in die Stiftungen investiert. Auch aus Nachlässen und Zustiftungen flossen zunehmend Mittel in die Stiftungen. Anton Fugger erweiterte die Fuggerei und stattete bestehende Einrichtungen wie das Holzhaus finanziell besser aus. Zudem errichtete er 1548 mehrere neue Stiftungen: das Schneidhaus im Umfeld der Fuggerei, sowie in Waltenhausen in der Nähe von Babenhausen ein Spital für 50 Pfründner. Im selben Jahr 1548 erfolgte unter Anton die Neuordnung sämtlicher Stiftungen und die Einsetzung der »Administratoren« als oberste Leitung. Hieraus entstand im Laufe der Zeit das heutige Fuggersche Seniorat, in dem jeweils die Chefs der Linien vertreten sind.
Neuausrichtung der Firma
Geschäftlich verlagerten sich in der Zeit Anton Fuggers die Schwerpunkte der Firmentätigkeit. Aufgrund der schwindenden Sicherheit von Großkrediten und des abnehmenden Ertrages aus den Bergwerken, investierte Anton Fugger zur Absicherung des Vermögens immer mehr Mittel in den Grunderwerb. Besonders in Schwaben erwarb Anton Fugger große Herrschaften, zum Beispiel Babenhausen, Glött und Kirchheim, als künftige Lebensgrundlage für die Familie. Die von ihm testamentarisch verfügte Auflösung des Handels sechs Jahre nach seinem Tod erfolgte jedoch nicht. Tatsächlich stellte die Fuggersche Handelsfirma erst ein knappes Jahrhundert später die Tätigkeit ein.